锦鲤鱼苗的培育过程也是一个择优汰劣的过程，是一个多次选择培育过程。选择过程一般在仔鱼孵出后的3个月内进行3～4次。

第一次挑选：锦鲤的白写、昭和品种在孵化出膜后就应该进行初选，优选黑色鱼苗，淘汰白色幼苗。其他锦鲤品种的初选一般在仔鱼孵出后的20～30天内进行，当鱼体长到3～5cm左右开始。主要是选留体质健壮，游动活泼，品种特征明显的个体，其他个体淘汰掉，或另行培育出售。但因品种不同，其生长速度和形成斑纹的时间也不相同，因此初选的时间有所不同。不同品系选留方法也有所不同：红白锦鲤的挑选要去掉畸形、全红、全白的鱼，其他鱼全留下；大正三色锦鲤的挑选要去掉畸形，留下白嘴为标准的大正，其余的淘汰；昭和三色锦鲤的挑选要出苗后即做初步挑选，全黑的鱼苗留下，白苗挑出与红白混养，一般第一次挑选淘汰约80%。

第二次挑选：在第一次挑选后20天左右开始。选择标准为鳍形的好坏，色彩鲜艳与否，图案斑纹是否清晰，品种特征是否明显等等。挑选的要点：首先去掉畸形、色彩不鲜艳的鱼。还要依照花纹的生长状况和质量好坏的标准进行挑选，红白系锦鲤，红斑纹颜色淡的应淘汰；黄金系锦鲤头部无光泽、鳞片覆盖不好，鱼体杂斑多、胸鳍生长不好，均要淘汰；昭和三色在第一次挑选后40天，将青黄色鱼苗淘汰，其余留下。

此后的第三四次挑选与第二次挑选基本相同。锦鲤苗种在饲养过程中淘汰率较高，第二次挑选淘汰约50%，第三次挑选淘汰约80%，经多次挑选淘汰出来的优质苗种才具备优良的特征，才可以进行后期培育饲养。