生物多样性，系生态学术专用语，是描述自然界多样性程度的一个内容广泛的概念，不同学者提出了多种定义。其中之一，生物多样性就是生物及其环境形成的生态复合体以及与此相关的各种生态过程的综合，包括动物、植物、微生物和它们所拥有的基因以及它们与其生存环境形成的复杂的生态系统。该术语基本概念的内涵和外延就是生态健康养殖的基础理论和方法。

大自然是复杂的，生物圈就是多样性的，每一种物种及其栖息环境的光照、空气、水体、土壤和植被等要素构成了一个固有的极具个性特点的复合型生态体，而该生态体不是独立的而是与其他物种构成的生态体构成共栖、共生关系，或者是同一片蓝天下或水体中，一条食物链（网）让各种生物你中有我，我中有你，构成了一个庞大的具有极强修复和再造能力的生态系统，这就是生物多样性。中国是世界农业大国，创造了灿烂辉煌的农业文明，积淀了博大精深的农耕文化。春秋战国时期的诸子百家中就有一家是农家，它对先秦的农耕文化已经做了全面系统的总结，其中就有生物多样性因子，且该理论经过两汉唐宋逐步得到分化、细化和具体化，成为农学。农学由农作物种植、畜牧饲养和水产养殖构成，其中一个分支就是渔学，尤以养殖为之最。中国发展水产养殖历史非常悠久，标志就是春秋时期范蠡著的《养鱼经》，该书现存共400余字，以问对形式记载了鱼池构造、亲鱼规格、雌雄鱼搭配比例、适宜放养的时间以及密养、轮捕、留种增殖等养鲤方法，与后世方法多相类似，给予后世诸多启迪，例如传统池塘养殖中的四大家鱼立体混养，鱼虾蟹和鱼虾鳖混养，这都是生物多样性理论在水产养殖中的运用。

生物多样性、复杂性和有机性是农业乃至渔业尤其是水产养殖的理论基础。而过去长期以来，在科技落后、生产力和劳动生产率水平低下三重约束下，农产品社会总需求一直大于市场总供给，食品短缺即饥饿一直是一个萦绕在人们头脑中的梦魇。为破解这个大难题，人们做了积极努力，其中之一就是积极发挥人的主观能动性，将生物多样性人为改造为单一性，将阳光、空气、水体、土壤和植被五要素高度凝聚在一个点上，同时，开展原种保有、良种选育和苗种繁育生产，在良种化基础上实现肥料、饲料和药物等投入品物质和能量高效转化，以最大限度地提高单位种植面积和养殖体积产量。

在科技创新推动下，工业化和城市化进程加快，大量先进的技术装备和科研成果被广泛投入和运用到农业中，将单一品种优质高产高效的发展模式推到了一个极致。在单产不断破纪录的同时，因为缺乏生态支撑更因为过量施肥和投喂饲料造成种质退化，植物病虫害和动物疫病高发、频发且日趋严重。为支撑该生产模式，农药被不断开发和广泛运用，透支了资源，污染了空气、水体和土壤环境，一方面增产更加困难，另一方面质量安全无保证。市场机制有三大特点，竞争性、周期性和相对过剩，在市场机制作用下，农产品尤其是水产品彻底告别了短缺，完成了由数量型增加向质量型提高的转型升级。生态、社会、经济危机让该生产经营模式走到一个尽头。该危机需要新的世界观和方法论突破。这就是返璞归真，回归大自然，还生物本来面目，在生物多样性原理和方法支撑下，同时运用现代科技装备设施以及成果开展综合种养尤其是生态健康养殖，这是新时代的生物多样性在农业中的运用。以水产养殖业为例，就是由单一品种高密度投放苗种、高强度投喂逐步改变为以草食性鱼类为主导品种的传统四大家鱼中的一草带三鲢的多品种立体混养，以杂食性或肉食性鱼类为主导品种，搭配混养一定比例、规格和数量的滤食性鱼虾类，例如鱼虾鳖混养。在此基础上，实施鱼菜共生、稻（藕）轮作。该模式由两条关键技术措施作保证。一条就是生态，七分环境一分养，就是运用物理、化学、生物尤其是生物方法为水产经济动物生长、发育和繁殖营造一个优良的生态环境，其物理和化学技术是基础，生物技术是关键，运用动物、植物和微生物之间固有的生态关系构建起一个更加优质高产高效的生态系统，实现循环水零排放养殖生产。另一条就是健康，根据阳光、空气的负荷和水体、土壤和植被的承载力控制放养总量尤其是密度，该密度是动态的，通过加减调整达到最优化，例如温室大棚是一个量，生态池和外塘是一个量，苗种、亚成体、商品和亲本是一个量，搭配混养和套养品种是一个量，在此基础上，控制饲料投喂强度，水产养殖经济动物食性比较复杂，以草食性、肉食性和杂食性为主，营养就是最有力的组织修复、器官再造和系统保养，而人们最易犯的错误是投喂过量，数量和质量两个层面上都会过剩，过犹不及，营养不足和过剩都是营养不良，许多问题尤其是疾病问题由此而生，绝大多数水生经济动物都是冷血变温动物，其摄食、消化和吸收能力和生长速度、发育时间和繁殖力需要气温、水温的配合，需要作动态加减和调整。

生物多样性是生态健康养殖的客观物质基础。生物多样性理论和方法在水产养殖中的应用非常广泛，核心就是生态健康养殖模式及其技术。生物多样性理论需要再认识，而生态健康养殖模式及其技术需要再认识、再创造，最终实现两者最佳结合，为渔业发展营造新的增长极，打造新的增长点，创造渔业发展新辉煌。