随着水生动物养殖业竞争的加剧，水生动物养殖集约化程度的不断提升，养殖种类的逐渐增多，养殖密度也不断加大，工、农业和城市生活污水排放对养殖水域的污染以及养殖业自身产生的所谓“自家污染”，导致水产养殖环境正在急剧恶化，各种病害对水生养殖动、植物的危害也正在日益严重。这种趋势至少会在相当长的时期内将持续存在的，水生养殖环境恶化局面的形成和演变的趋势不是水产养殖业者能够掌控的。面对水生养殖动植物各种严重疾病的频繁发生，养殖业者为了尽量减少经济损失而以“病急乱投医”的心态滥用一些药物也是属于无奈之举。

从整个行业的层面上而言，我国从事水产养殖生产的人员专业素质偏低。而水生动物养殖过程中，决定使用水产用兽药（包括抗菌素类药物）与否的正是水产养殖者自身。由于水产养殖的大多数从业人员不仅对各种水产用兽药的特性、科学使用药物的技术与方法等缺少必要的专业知识，而且在从事的水产养殖生产过程中对各种水生养殖动物病害的预防没有正确的认识，不少养殖业者将药物防治作为控制水生养殖动、植物病害的唯一措施。当水生养殖动、植物的病害发生时，又由于缺乏必要的诊断条件和可供决策选择水产用兽药的基本数据，自身具备的水生动物疾病学和病理学知识又不能满足对疾病进行正确诊断的需要，也就根本不可能做到对症用药和科学用药。盲目用药必然会导致用药效果差和用药次数增多，使病原菌更容易产生耐药性，最终导致了在水生养殖动物疾病防治中药物滥用、误用的混乱局面。

水生养殖动物致病菌形成耐药性的原因是多方面的，将人类、畜禽粪便作为肥料投入养殖水体中，其中的耐药细菌就可能将耐药因子传递给水生养殖动物的致病菌；不久前，王丹等（2014）在《科学通报》上，以“中国地表水环境中药物和个人护理品的研究进展”为题发表的文章中，称“迄今已有约68 种抗生素在中国地表水环境中被检出，包括磺胺类、喹诺酮类、四环素类、大环内酯类、β-内酰胺类和其他六大类”。表明在我国地表水中检测到68种抗生素，而且其浓度远高于国外。水体中含有的抗菌素类药物也是致病菌产生耐药性的原因。当然，滥用水产用兽药中抗菌素类药物，也是导致水生养殖动物致病菌产生耐药性的原因。

在我国水产用兽药中抗生素类的生产与使用缺乏规范。企业在制售这类药物之前没有规范的鱼类药理学试验数据；渔民在使用这类药物时不能遵循科学的使用方法，将各种抗微生物药物直接向养殖水体中泼洒的现象随处可见。在水生动物养殖过程中，我国可能是世界上滥用抗菌素类药物最为严重的国家之一，由此造成的水生养殖动物致病菌耐药性问题已经十分突出。有关专家对水产用兽药中抗生素类药物滥用问题和饲料药物添加剂使用的总体评价是，滥用情况严重；业内人土意识淡漠，认识不清，人们对此的科普知识了解得太少，对其危害性知之更少；发展趋势不容乐观，若不抓紧治理和积极引导后果不堪设想。

我国已加入世界贸易组织（WTO），如果发达国家低价、低残留的水生动物性食品大量涌入我国，如果我们不积极采取有效措施，不但会导致我国的水产品出口不畅，而且在国内市场的地位也会受到严重冲击。普遍地滥用水产用兽药导致养殖业者自身也对养殖水产品失去信心，很多人甚至愿意花高价去吃野生鱼，也不愿意吃自己养成的水产品。

2007年的《世界卫生报告》中，将细菌耐药列为威胁人类安全的严重公共卫生问题之一。我国卫生部合理用药专家委员会主任委员张淑芳指出，如不采取措施规范抗菌药物的应用，人类将会面临无抗菌药可用的局面。滥用抗微生物药物，不仅造成资源的浪费，用药者的安全性更无法保障，每年我国约有10万人死于药物的不良反应等问题。更严要的后果是引起细菌耐药，而且细菌耐药产生的速度远远快于我们新药开发的速度。长此以往，我们可能会退回到上世纪五六十年代以前的状态，很少人能用得上抗生素，人类将再一次面临很多感染性疾病的威胁，生命安全实在堪忧。大量地、不合理地应用水产用兽药中抗生素类药物，必然会导致水生细菌的耐药率迅速上升。

水产用兽药的生产一直落后于人药和兽药的生产，过去比较长时期的处于无序状态，从产品质量、药效、安全性、残留性方法至今也未能做到严格把关和严格控制，并且水产用兽药的用药性质与人药和兽药均有很大差别，人药和兽药是个体给药，而水产养殖中用药大多是群体给药，过去几年常常出现由于药品的质量问题和药效问题，也由于使用者对药品的性质缺乏了解，对于国际上禁用药物了解不够，造成水生动物用药后体内药物残留，使出口水产品遭到进口国的拒收，造成的经济损失达到上亿元。水产养殖滥用药物使得消费者对于养殖鱼类也是谈虎色变，很多人不愿意吃养殖鱼。使水产养殖业就这样遭受到了消费者的进一步打击。

与人体使用抗生素类药物一样，对水生养殖动物使用这类药物不仅会增加其体内致病菌的耐药性，同时也增加水生动物体内正常菌群对这些药物的耐药性。水生动物传染性细菌或消化道正常菌群的耐药基因可以通过直接与人体的接触，或者是通过间接地食用这些动物将其耐药基因传递给人体。这些耐药菌可以在人体内定植，也可以将耐药基因传递给人体内源菌群。动物消化道内耐药菌群的数量越多，这些耐药基因传递给致病菌的可能性就越大，进而向环境中扩散的可能性愈大。