目前，现有的水产消毒剂还存在许多不足之处。

比如：

含氯消毒剂易受水中有机物和酸碱度变化的影响，且对器具有腐蚀作用，对鱼体毒性也较大；氯制剂中含有的有效氯与水体作用生成各种卤化物，产生多种不易挥发的卤化有机物(比如三卤甲烷等)，同时氯制剂与水中氨作用，生成氯胺．对水中病原体不但没有灭活作用，且达到一定浓度后，对水生生物还有毒副作用。

季铵盐类的杀菌效果易受水质硬度的影响，在酸性条件下杀菌效果较差。

碘制剂虽杀菌效果好，但易受光线、温度的影响，易蒸发失效。

酚类消毒剂虽受有机物影响小，但杀菌效果差，对环境有污染，具毒性和腐蚀性。