原核细胞型的微生物统称为细菌，包括古细菌、真细菌和蓝细菌。真细菌包括细菌、螺旋体、支原体、立克次体、衣原体和放线菌等。其基本结构由外向内依次为细胞壁、细胞膜、细胞质及核质。

自然界中的细菌极少单独存在，常以种群形式出现。各种不同的细菌种群与周围环境和水生动植物共同形成水体生态系统。动物体表及与外界相通的腔道粘膜表面栖居着数量不等的细菌。通常把那些在动物各部位经常寄居而对机体无害的细菌称为正常菌群。正常菌群在宿主内生存和增殖，对维持宿主组织器官的正常结构和功能起着十分重要的作用，如他们能在肠内壁表层形成非特异性的表面保护膜，刺激机体产生“自然抗体”。水体中细菌及微生物群落的多样性对维持水生态系统的功能与稳定具有决定作用。水生生物体表或水体的正常菌群在机体健康或正常情况下不致病，但一些种类在机体抵抗力低下是可导致疾病的发生，这些类细菌称为条件致病菌。自然界中仅有少数细菌能引起水生动物发生疾病，例如鲑鱼立克次体引起鲑鱼败血症，而这类细菌称为病原细菌或病原菌。

细菌体积微小，必须用显微镜才能看见，他们的大小常用微米表示。细菌按其外形克分为球形、杆型和螺旋形3中基本形态，分别称为球菌、杆菌和螺型菌。细菌是能够独立生活的单细胞微生物。根据需要的营养物质不同，细菌分为两种营养类型：以简单的无机物为原料，通过无机物的氧化或光合作用获得能量，合成菌体成分，这类细菌称为自养菌;  需要利用多种蛋白、糖类等有机物质作为营养和能量合成菌体成分的细菌称为异养菌。必须从宿主(人或动物)体内的有机物质中获得营养和能量的异养菌称为寄生菌，大部分病原菌均属于寄生菌。以动植物尸体、腐败食物作为营养物质的细菌称为腐生菌。养殖对象因细菌引起的疾病，称为细菌性疾病，细菌性疾病的种类多、分布广、危害大，死亡率高，可引起养殖对象的大批死亡，给养殖生产造成很大的损失。

细菌病的治疗方法

危害水产动物的是杆菌，其次是弧菌。由于细菌自身有较为完备的代谢系统，对宿主的专一性要求不强，所以细菌性疾病在水产动物疾病中占较大比例，通过实践证明，经常使用“底改剂”、“碘”、“海因”以及现行杀菌药物等药物均对细菌性疾病有就较高的预防和治疗作用。