光合菌与芽孢菌的第一大差别就是需氧量的大小。光合细菌只要有光，在有氧、无氧条件下都能够将有机物分解为无机物，减轻水体污染。而芽孢菌不一样，是好氧菌，耗氧还挺多的。这种差别也就体现在它们的泼洒时间上。光合细菌是晴天上午泼洒，为了有光照；芽孢杆菌则是需要在晴天午后开增氧剂使用，为了增加水中的溶氧。

它们的第二大差别则是能力的强弱不同。芽孢分解能力较强，还能够抑制其它有害菌生长；光合细菌虽说也是有相似的作用，但是能力没有芽孢那么强。毕竟要是有一种细菌对氧气没要求，有光就能长，温度范围广，还比其它细菌更能争夺养分，那池塘里估计就没别的细菌了。

第三大差别则是抗性不一样。芽孢杆菌在不良环境下会形成芽孢，就相当于做了个壳把自己包起来了，然后遇到合适的环境会再次生长。而光合细菌没有这个功能，它无法形成芽孢，所以环境比较极端的话它就死了。所以芽孢杆菌用的都是菌粉，而光合细菌用的都是菌种，是菌液制剂。