蓝藻暴发多用市场上购置的蓝藻分解剂按说明计算好用量后兑水全池泼洒，池塘周边要重点泼洒。往往在杀藻解毒几天后，死亡藻类分解形成有机营养物质又重新进入水体中，水体营养物质又逐渐增多，若不做处理，过段时间后又会形成蓝藻暴发。这就是为什么好多养殖鱼塘蓝藻暴发杀藻后又不断地形成，往复循环，不能除根的原因，主要是水体中多余的氮类营养物质没有被利用，而蓝藻中的微囊藻又是喜氮类藻类，含氮多的鱼塘容易形成微囊藻类蓝藻暴发。

由于高蛋白配合饲料中氮元素含量高，磷元素含量少，除了加投白鲢等滤食性鱼类和加水换水外，还可以向鱼塘补充磷肥，使氮磷达到平衡，这样逐渐把其它有益藻类培养成优势藻类，能防止蓝藻再次暴发。