金鱼的身体由头、躯干、尾三部分组成，各个部分之间没有明确的分界线。通常是从身体最前端的口到鳃盖后缘，与胸鳍开始处划一垂直线，称为头部；从鳃盖后缘到肛门或臀鳍的开始处，称为躯干部；从肛门到尾鳍末端，称为尾部。金鱼的身体通常呈纺锤形，头部和尾部比中部较细，从头往后两侧渐渐扁平。金鱼的外部形态与其他鱼类差异较大，而且各个品种之间的差异也很明显。

金鱼和其他鱼类一样，内部器官有齿、食道、胃、肠、心脏、脾脏、肝脏、肾脏、鳔、输尿管、输卵（精）管、肛门等构成。同时也具备骨骼、肌肉、消化、呼吸、循环、神经、感觉、泄殖、内分泌等几大系统。

金鱼的骨骼系统是构成金鱼鱼体的骨干，起到支撑鱼体，保护内脏的作用，同时和肌肉配合可完成鱼体的任何动作。通常分为中轴骨骼和附肢骨骼，中轴骨骼包括头骨、脊柱骨、肋骨；附肢骨骼包括鳍条骨、肩带、腰带骨等。

金鱼的肌肉系统分为骨骼肌、平滑肌、心肌三种类型。骨骼肌着生在骨骼上，在神经系统的支配下能够自如地完成各种伸缩运动；构成内脏器官管壁、消化道、肠道的肌肉为平滑肌；构成心脏的肌肉为心肌。

金鱼的消化系统包括口腔、咽喉、咽喉齿、食道、肠道、肛门、胆囊、肝脏、胰脏等，其中胆囊、肝脏、胰脏为消化腺，其余构成金鱼的消化管，在这些消化管和消化腺共同作用下发生机械消化和化学消化，使食物充分被鱼体吸收利用。金鱼的肠管长度约为体长的二到三倍。

金鱼的呼吸系统的主要器官是鳃。金鱼的鳃长在头部的两侧，被鳃盖覆盖着的是鳃腔。每边鳃腔各长着四个鳃弓，每个鳃弓上长着两排鳃片，它是由无数的鳃丝排列而成的。金鱼还有一个主要的器官就是鳔。金鱼的鳔呈长袋形，是位于消化道背面、肾脏腹面之间的中空囊状器官。金鱼的鳔首先是鱼体比重调节器，可通过调节鱼鳔中的气体的多少来控制鱼体的升降；其次鱼鳔中有许多神经纤维和神经末稍，可以通过鳔刺激神经，感受压力、声音等，为鱼体的听觉器。

金鱼的循环系统由心脏、动脉、静脉、毛细血管以及淋巴管组成。其功能为：输送营养物质和一些氧气到身体各部位；排出代谢产物；运送各种激素到相应器官；防御作用；调节渗透压。金鱼的血液循环属于单循环（体循环），没有高等动物的肺循环，所以心脏中血有污血；心脏跳动次数少，血液流动慢。

金鱼的神经系统负责鱼体的全身生活活动和协调；负责鱼体与外界环境的相互联系。鱼体的各种运动，如呼吸、捕食、心脏搏动、逃避敌害都是在神经系统的支配下完成的；外界环境的改变，如饵料的变化、溶氧的变化、水温水质的变化都是神经系统接受刺激被感知的。金鱼神经系统由脑和脊椎构成中枢神经系统；由脑、脊髓向周围发出的神经纤维构成外围神经系统；由交感神经和副交感神经构成植物性神经系统。

金鱼的感觉器官跟神经系统连接紧密，是神经系统的外围器官。能够感觉外界水环境的各种变化，通过神经到达神经中枢，尔后做出各种适应反应。包括皮肤感觉器官、嗅觉器官、味觉器官、视觉器官、听觉器官。金鱼的皮肤感觉器官主要是侧线。侧线分头部侧线和躯干侧线。它的主要功能是感觉水流的方向和水流的振动，感受低频率的振动，感受水温的变化。金鱼的听觉器官主要是内耳，位于延脑两侧。金鱼的视觉器官是眼，金鱼的眼睛是近视眼，水晶体不能调节曲度。金鱼的嗅觉器官是鼻，在金鱼头部前背方有两个鼻孔，内中有嗅束。金鱼依靠它来寻找饵料，辨别水质好坏，金鱼的鼻与呼吸无关。金鱼的味觉器官是味蕾，能感觉各种味道。

金鱼的泄殖系统是指金鱼的排泄系统和生殖系统，两者关系极为密切，位置靠近，有共用的管道。排泄系统由肾脏、输尿管、膀胱、尿道、尿殖窦组成。生殖系统主要组成部分为生殖腺，另外还有生殖管道。雄性金鱼的生殖腺是精巢，雌性金鱼的生殖腺是卵巢。

金鱼的内分泌系统由内分泌器官组成。内分泌器官是无管腺体，可以分泌各种激素，这些激素可以通过渗透作用进入血液循环中，输送到身体各个部位，对鱼体生理活动起到协调、控制作用。金鱼的内分泌腺体主要有脑下垂体、甲状腺、生殖腺、肾上腺、胰岛等几种。

金鱼由头、躯干、尾三部分组成。头部由口、鼻、眼、鳃盖、躯干及尾柄部由鳞片覆盖，身体两侧各有一条呈波浪状的侧线，胸部有胸鳍，背鳍位于背部中央，腹部有腹鳍，腹鳍后为臀鳍；尾部由尾柄、尾鳍组成。

根据鱼类分类学和金鱼的特点，将金鱼身体各个部位长度和鱼体重量测量方法介绍如下（单位：厘米，重量：克）

（1）全长：是金鱼的全部长度，从吻端到尾鳍末端的最大长度。

（2）体长：即标准长，是指从吻端到尾鳍基的直线长度，也是全长减去尾鳍的长度。

（3）头长：从吻端到鳃盖骨后缘的直线长度。

（4）吻长：是从吻端到眼眶前缘的直线长度。

（5）眼径：眼眶前缘到后缘的直线长度。

（6）尾柄长：从臀鳍基部后端至尾鳍基部垂直线的长度。

（7）体高：从背鳍基部至腹鳍基部附近的垂直高度，是指身体最大高度。

(8)尾柄高：尾柄部分最低处的高度。

（9）背鳍长：背鳍刺最长鳍条的直线长度。

（10）胸鳍长：胸鳍鳍条的直线长度。

（11）腹鳍长：腹鳍鳍条的直线长度。

（12）臀鳍长：臀鳍鳍条的直线长度。

（13）尾鳍长：尾鳍鳍条的直线长度，又称尾长。

（14）体重：通常采用带水称鱼法，把鱼放在盛水容器中称得重量减去容器和水重，就是鱼体重量。这种称法误差小，准确度高，不伤及鱼体。

金鱼各个时期有不同的名称。胚胎期：从受精卵开始至孵化出膜前，此时营养主要靠卵黄供给。仔鱼：从孵化出膜到卵黄全部吸收为止。

稚鱼（鱼苗）：从鳞片开始出现到全长三厘米的金鱼，此时各个品种特征尚未完全出现，多数鱼体没有褪色，仍为青灰色。

幼鱼：三厘米以上的小鱼，此时外形基本和成鱼相同，但性腺未发育成熟，不具备第二性腺。

成鱼：性腺已经成熟，生殖季节出现第二性征。

当年鱼：指当年产卵孵化培育成的各种规格的幼鱼，是与一龄鱼不同的，一般未过冬。

一龄鱼：满一周年的大鱼。

二龄鱼：满两周年的大鱼。

依次为三龄鱼，四龄鱼等等。

亲鱼：指留作繁殖用的大鱼，多选择一龄以上的大鱼。

秋苗：是指秋季孵化得到的鱼苗。

金鱼的年龄一般认为是六到七年，因为在七龄时金鱼就不能生育了，但也有的金鱼寿命很长，北京中山公园有一尾红龙睛活到二十一岁，还有寿命达到三十龄的。世界最长寿的金鱼是英国金鱼“蒂什”，在它的长寿纪录已获得国际认可后，即将被载入《吉尼斯世界纪录大全》之时死去，享年43岁，这使熟知“蒂什”的人乃至整个英国都十分悲伤。《时代》杂志为它写的讣文说：享年43岁的“蒂什”每天都在水中游来游去，何曾料到自己会被写进《吉尼斯世界纪录大全》呢？对于一条金鱼来说，能获这个名誉也算死而无憾了。

金鱼的祖先是鲫鱼，和鲫鱼同属于一个物种。至于金鱼中不同的品种，不过是形态上的变异而已，在分类学上并不属于不同的亚种，是人类干预自然的产物，是人们有意识地选择发生特异性变异的个体，并使之定向繁育的结果。

从发现金鱼到现在，已有千余年的历史，经过历代金鱼养殖者的辛勤劳动，目前已有金鱼品种几百种，这几百种金鱼品种的特点，是由于在它们身体的几个部位发生了变异，由这些变异的部位互相组合，形成了今天不同品种的金鱼。