鱼类育种是指按照人们的意愿，培育特定遗传性状（如生长迅速、抗病和耐低温或高温等）稳定的鱼类品种或品系。

养殖鱼类的选择与育种，在很长的历史年代里，只是停留在依赖自然选择的作用上。1558年瑞士的格斯纳（C.Gesner）进行的鲤与金鱼的交配，是世界上制种的最早记载。直到18世纪末叶遗传学理论初步建立后，才为养殖鱼类个体间的杂交奠定了基础。此后，随着现代生物技术的发展，鱼类的育种由个体间细胞水平，进而走向分子水平，从而，突破了种间不可杂交的障碍。选种及杂交育种是个体水平；染色体倍数性育种和体细胞育种属细胞水平；基因转移育种乃是分子水平。在育种实践中，这三个层次的手段往往相互结合，互为辅充。

鱼类育种中最经典的方法。鲤是养殖历史最悠久的种，中国大约从农渔时代就开始进行自发的物种选留，挑选生长快、个体大、体态健壮的鱼作亲本，淘汰含有不利特性的个体，使有利的遗传基因得以保留并逐步稳定，这种过程实际上就是种内选育。在中国至今有20个适应于不同养殖环境的鲤品种。

鱼类育种中较有成效的手段之一，已由种内扩大到种间。绝大部分养殖鱼类是体外受精，为人工杂交提供了十分有利的条件。人工杂交可以把两个不同种类的优良遗传特性集中于同一个体，扩大了遗传特性的变化范围。金鱼是杂交与选择相结合进行育种最早的成功例子。长期以来，金鱼饲养者把不同形态和色彩的金鱼进行人工杂交，逐代选择，使一些具有独特性状的遗传特征趋于稳定，形成新的品种，在中国已有一百多个金鱼品种。

20世纪 70年代初，苏联的基尔皮奇尼科夫（В.С.Кирничников）等用欧洲的镜鲤和黑龙江野鲤杂交，经过五代的选育，获得抗寒力强的罗普莎鲤。中国培育的红镜鲤是从兴国红鲤与散鳞镜鲤杂交后代中分离出的红色、散鳞的个体中选留繁殖出来的。随即又从野鲤和红鲫的杂交后代中选出了四倍体的鲤鲫杂交种。

包括多倍体育种和单倍体育种：①单倍体育种。以雌核发育或雄核发育为手段，使发育后代的遗传信息只由母本或父本的单套染色体提供。由于单倍体育种能在很短的时间获得纯合的个体，因而成为育种的主要方法之一。中国在鲤的人工雌核发育和人工控制性别的研究中，已获得两个红鲤雌核发育系。对雄核发育的研究也获得突破性进展。②多倍体育种。有同源多倍体和异源多倍体。前者是体细胞中含有两套以上同源染色体，后者含有两套以上不同源的染色体（一般是两个不同种的染色体）。多倍体一般有三倍体、四倍体、五倍体或更高的倍数。染色体倍数的增高，往往伴随着生活力的提高和生长速度的加快。异源多倍体是解决杂种不育的有效途径之一。中国在人工诱发三倍体、四倍体的研究方面，已获得草鲤和鲤鲫杂交的可孕异源四倍体鱼。

应用经过诱变或筛选的、具有一定目的遗传特性的体细胞系作原始材料，以培育鱼类新品种，是鱼类育种工作中目标较为明确且较为快捷的途径。世界上第一尾“试管鱼”的实验成功，为鱼类体细胞育种解决了技术上的主要障碍。

高等生物的基因分离、扩增和重组转移等技术的日益完善，为鱼类基因转移育种创造了条件。基因转移育种是定向目标最为明确的一种技术途径。人的生长激素基因成功地转移入泥鳅和鲫，在受体成鱼体中得到表达，并能遗传给下一代的事实，使人们见到了这一技术途径的新曙光。

经济鱼类的选择育种以鲤的历史最久，育成的品种最多。中国在西汉（公元前206年）就有关于“红鲤”的药用记载（医林纂药）。现代中国已有兴国红鲤、荷包红鲤、呆鲤、大肚鲤、长鳍鲤、肉鲤、禾花鲤、田鲤、龙州镜鲤、道鳞鲤及四季鲤等10多个地方品种。70年代以来，中国对荷包红鲤和兴国红鲤的体型、体色和生长性状经10多年提纯选优，已分别育成较稳定的品系，还从兴国红鲤（♀）和散鳞镜鲤（♂）的经济杂种F1——丰鲤的后代中选育出红色和镜鲤鳞型的双隐性重组的红镜鲤。前苏联有两个著名的鲤育成品种：①乌克兰鲤。从乌克兰的几个地方鲤群体中，经过多年合成选择而成。有较快的生长率和较大的繁殖力，但对环境和疾病的抗性较差。②罗普莎鲤。从欧洲加里茨镜鲤和黑龙江野鲤的杂交种选育而成。提高了对低温的抵抗力和生活力，适于前苏联北部和西北部地区养殖。在日本、印度尼西亚及东欧和西欧的一些国家也各有一些鲤的地方品种。

其他经济鱼类，主要是对虹鳟的选育，严格地说还未达到稳定纯合的育成品种，但在美国已有较多的品系，它们的某些生产性能已得到改进。80年代以来，国外对于河鳟、大西洋鲑和斑点叉尾鮰等经济鱼类正在进行选育。

观赏鱼类的选育以金鱼的成效最为显著，其次是锦鲤，已获得许多世界著名的、具有很高观赏价值的金鱼和锦鲤品种。

鱼类选择育种的方法有混合选择、家系选择和后裔测验以及综合选择。

混合选择

鱼类选择育种的主要方法，又称个体选择。主要根据个体本身的表型值进行选择。中选个体混养在一起，让其相互交配繁殖，经过连续几代选择，可以提高被选择种的纯度，改进所选性状。此法简单易行，在多数情况下能较快获得选择效果。但只适用于受一个或几个基因控制，而且遗传力较高的性状选择；对受许多微效基因控制的数量性状，且遗传力较低的性状选择，效果就比较缓慢。混合选择可用于体型、体重、生长、体色、鳞式、性成熟、抗性以及某些生理或生化特性等性状的选择。混合选择时，事先并不了解中选个体和淘汰个体的基因型，含有较大的误差风险。因此，混合选择与其他选择方法结合进行效果较好。

混合选择的预期效果用选择反应表示。选择反应（R）表示每一世代由选择引起的群体平均表型值的变化大小。选择的基本效应是使中选亲体所繁殖的子代平均表型值与被选亲代平均表型值之间产生差值，此差值即为选择反应，可用下列公式表示：

R＝i·σp·h2＝S·h2

式中 i为选择强度；σp为性状的表型标准离差；h2为遗传力；S为选择差数。

表型标准离差用以计量群体内个体间的变异值。所选性状在亲代中的变异愈大，它的选择反应也愈大。但必须是遗传变异性的增加才能增大选择反应，若是环境造成的非遗传性变异增大，则不可能增大选择效果，不会造成遗传力的降低。鱼类在生长方面的变异比农畜大得多，一般为农畜的3～5倍。因此，可以期望鱼类有更大的选择反应。

选择差数

中选亲鱼的平均表型值与整个亲鱼群体平均表型值之间的差数。选择差数的大小取决于中选亲鱼数占群体众数的比率和性状的表型标准离差。鱼类特有的巨大繁殖力十分有利于增大选择差数，因为一个被选鱼群，只需选留一小部分最好性状的鱼为亲体，便足够繁殖所需，从而取得增大选择差数的效果。但选择差数过大是有害的。如果选择差数为负值，将会得到下向选择反应。

选择强度

以表型标准离差为单位表示的选择差数（i＝S/σp）。选择强度取决于中选比率（中选亲鱼数占亲鱼群体众数的比率），减小中选比率，可以增大选择差数。从一个鱼群中选留多少鱼的效果最好决定于选择强度与中选比率的关系。在理论上选择强度最大可达到4。中选比率为5%时，选择强度约为2.25；中选比率减小到2%～1%，选择强度约增大到2.4～2.66；中选比率减小到0.2%～0.1%，选择强度约为3.2～3.4；中选比率小于0.1%以下，选择强度不再有显著增加。因此，在实用中以0.2%～0.1%为最大中选比率。繁殖力低的鱼类，中选比率可增大到5%。但大于5%，选择强度将显著下降。过分增大选择差数和选择强度，可能产生有害结果，因性状过于偏离群体平均值的个体，常因“相关反应”而伴有其他非选择性状变异，从而影响生活力。

遗传力

指某一性状所观察的变量（方差）属于遗传差异的分量，通常以百分率表示。性状是基因在一定环境内表现的结果，因此，性状的表型值变量包含遗传部分的变量和环境部分的变量，即表型方差（VP）＝基因型方差（VG）＋环境方差（VE）。如果遗传变量以其占整个表型变量的百分率表示，即所谓的广义遗传力（H2）：H2＝VG/VP，其意义在于表明性状的变异是遗传的作用大，还是环境的作用大。如果把加性遗传变量（加性遗传方差VA）从遗传变量中区分出来，再计算其占整个表型变量的百分率，即通常所说的遗传力（h2）：h2＝VA/VP，或狭义遗传力。加性遗传方差是亲属间相像性的主要原因，也是选择反应的主要决定因素，其分量可由远交而提高，由近交而降低。繁殖的亲鱼数达到50～100，可使近交的影响减少到很低的程度。为了提高鱼类的选择反应，在选育过程中还应采取减少环境方差分量的措施。

家系选择和后裔测验

对亲属的选择，即对基因型的选择。留作种用个体的性状评价是根据它亲属的性状分析而确定的。在鱼类中对于亲属的选择常采用家系选择和后裔测验。家系选择是由不同的双亲繁殖不同的家系，以每个家系为单位，比较各家系的表型值，从中选出最好的家系。个体表型值除了能决定家系平均值外，不起其他作用。如果中选个体不参与对其家系平均值的估计，即为同胞选择。家系选择的选择反应（Rf）以下列公式表示：

鱼类选择育种

式中 if为家系选择强度；σf为家系平均值的标准离差；为家系平均值的遗传力。

后裔测验是在控制条件下，根据子代平均值以评价亲体性状。后裔测验有不同的方法，最简单的方法是对不同双亲所繁殖的子代进行比较，选出能生产最优良子代的双亲。常用的简化双列杂交法是把待测的每尾雄鱼（或雌鱼）分别与同样的两尾雌鱼（或雄鱼）配对交配；可得出待测雄鱼（或雌鱼）的育种值。假如一个个体跟若干随机抽自群体的个体交配，则它的育种值等于子代距群体平均值的平均离差的两倍。后裔测验的缺点是所需的世代区间费时较长。

综合选择

在一个世代时间内连续采用家系选择、混合选择和后裔测验。第一步由一些非亲属的异源双亲分别繁殖子代形成各个家系，在这些家系培育过程中比较它们的生产性能，从中选出最好的一些家系。第二步在若干家系中进行混合选择。如果每个家系含有千尾以上个体，则可达到很高选择强度。第三步根据后裔测验检测亲本，只要有一种性别的亲本达到性成熟（如雄鲤较雌鲤早熟），即可对其进行后裔测验，待另一种性别的亲本达到性成熟时，此测验即可完成。综合选择曾被用于罗普莎鲤的选育。家系选择和混合选择的综合选择曾被用于大西洋鲑和荷包红鲤的选育。

综合选择的选择反应（Rs）理论上等于所采用的每种选择方法的选择反应的总和：

Rs＝Rf＋Rm＋Rpr

式中 Rf、Rm和Rpr分别为家系选择、混合选择和后裔测验的选择反应。